В работе предложена альтернативная MILP-формулировка термодинамических (ациклических) ограничений для метода баланса потоков (FBA). В отличие от подходов на базе построения базиса пространства циклов (в т.ч. Fast-SNP), формулировка использует непрерывные переменные метаболических потенциалов и строит ограничения напрямую по разреженной стехиометрической матрице, что ускоряет построение MILP-формулировки. Для сохранения малого числа целочисленных переменных вводится предварительное выделение «циклических» реакций с помощью серии LP-задач, после чего целочисленные ограничения накладываются только на них. Эксперименты показывают сопоставимую эффективность в задаче ll-FVA и ускорение в 2+ раза при поиске блокированных реакций на крупных моделях Mouse-GEM и Human-GEM.

Сафонов И.А. (науч. рук. Сергушичев А.А.) Эффективная формулировка термодинамических ограничений в анализе баланса потоков в виде задачи целочисленного линейного программирования // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. – СПб: Университет ИТМО, [2026]. URL: https://kmu.itmo.ru/digests/article/17486