Проблема точной оценки сходства CDR3-последовательностей T-клеточных рецепторов важна для выявления эпитоп-специфичных групп в репертуарах. Мы разработали регион-специфичные матрицы замен для V, N(D)N и J частей CDR3 на основе кластеризации близких последовательностей и анализа частот аминокислотных замен в плотных эпитоп-специфичных группах. Для выделения таких групп применялся графовый подход с редакционным расстоянием и поиском максимальных кликов. Валидация на данных с эпитопом LLWNGPMAV и синтетическом фоне, сгенерированном моделью OLGA, показывала устойчивый рост точности (Precision) при сохранении чувствительности (Recall). Полученные матрицы улучшают поиск сходных CDR3 по сравнению с базовыми методами.

Подсытник М.А. (науч. рук. Власова Е.К., Шугай М.А.) Регион-специфичные матрицы замен для выравнивания cdr3 t-клеточных рецепторов // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. – СПб: Университет ИТМО, [2026]. URL: https://kmu.itmo.ru/digests/article/17300