Работа оценивает качество докинга по точности ключевых мотивов интерфейса, а не по глобальным метрикам. На системе HIV-1 gp120–CD4 сгенерированы rigid-body комплексы (ClusPro, pyDock, HDOCK) и сопоставлены с экспериментальным референсом 1GC1 и предсказанием AlphaFold 3. Показано, что модель с приемлемыми DockQ/PRODIGY и большой площадью интерфейса может иметь ненативную геометрию мотива CD4-binding site (кластер Phe43/Arg59 и контакты с Asp368/Trp427/Val430), не исправляемую краткой MD-релаксацией. Обоснован пайплайн мотив-центричной валидации при отборе рецептор-миметических ингибиторов и прогнозировании эволюционной устойчивости через фитнес-ландшафт и время до ускользания вируса.

Фофонов М.А., Сахабеев Р.Г. (науч. рук. Сахабеев Р.Г.) Точность анкерных мотивов как критерий качества докинга при разработке эволюционно устойчивых ингибиторов вирусного входа // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. – СПб: Университет ИТМО, [2026]. URL: https://kmu.itmo.ru/digests/article/17945