В работе проведён анализ исходного кода процедуры построения усеченно-октаэдрической ячейки моделирования в среде AMBER и выявлены проблемы реализации, влияющие на корректность построения ячейки. Реализована корректная процедура масштабирования, обеспечивающая согласованное изменение линейных размеров расчетной ячейки, применена стандартизованная функция оценки габаритов белковой молекулы, исправлена формула расстояния до граней и модифицирован алгоритм построения изотропной ячейки. Реализация выполнена в исходном коде программного комплекса с сохранением совместимости вычислительных сценариев. Модифицированный алгоритм обеспечивает корректное построение ячейки и устранение случаев некорректной сольватации.

Евдокимов Д., Лебеденко О.О. (науч. рук. Русланович Н.С.) Программная реализация метода корректного построения ячейки моделирования для молекулярно-динамических расчетов в среде amber // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. – СПб: Университет ИТМО, [2026]. URL: https://kmu.itmo.ru/digests/article/17262