В настоящее время моделирование физико-химических процессов становится все более важным инструментом в науке и промышленности. С ростом сложности моделей и объема данных возрастает вычислительная нагрузка, требующая использования вычислительных кластеров. Для задач моделирования был выбран программный пакет Gromacs. Кластер был организован с применением архитектуры master-slave, а планировщиком задач был выбран Slurm. Для параллельных вычислений была использована реализация OpenMPI. Сконфигурирована система NFS для централизованного хранения данных. Проведенное тестирование подтвердило работоспособность кластера. Это решение позволяет оптимизировать вычислительные ресурсы и масштабировать систему для крупных исследований в биофизике и биохимии.
Остапенко О.Д. (науч. рук. Клименков С.В.) Вычислительный кластер для моделирования биохимических процессов // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. – СПб: Университет ИТМО, [2024]. URL: https://kmu.itmo.ru/digests/article/12466