Целью проекта HiCT является разработка программного инструмента, позволяющего в реальном времени визуализировать карты Hi-C контактов и интерактивно выполнять операции скаффолдинга геномных сборок хромосомного порядка, сопоставимых по размеру с геномом человека. Создание набора программных библиотек и инструментов HiCT было начато в 2022 году и изначально платформа реализовывалась в экосистеме языка Python и библиотек. Изначальная реализация позволяла работать с геномами комаров семейства Anopheles, однако в процессе её использования был отмечен ряд недостатков, в частности сложность установки и отсутствие поддержки многопоточности. Данная работа посвящена новой реализации HiCT на языке Java, устраняющей недостатки предыдущей реализации.

Сердюков А.Н. (науч. рук. Замятин А.А.) Разработка релизной версии платформы HiCT на Java // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. – СПб: Университет ИТМО, [2024]. URL: https://kmu.itmo.ru/digests/article/11901